Tematy prac magisterskich i doktorskich w ZGE dotyczą genetyki i genomiki ewolucyjnej. Zawierać się mogą w obszarach dotychczasowych zainteresowań promotora, mogą to też być zagadnienia nowe, o ile ich realizacja jest możliwa w naszym laboratorium. Materiałem badawczym są najczęściej drożdże piekarnicze Saccharomyces cerevisiae. Jest to modelowy organizm genetyki, biochemii i biologii komórki, a ostatnio też genomiki i proteomiki. Realizacja projektów dyplomowych pozwala na zaznajomienie się z technikami genetyki molekularnej takimi jak klonowanie genów, transformacja genetyczna, mutageneza losowa i planowana i analiza sekwencji DNA. Rozwijamy też analizy białek in vivo i in vitro. Posiadamy genomowe, czyli liczone w tysiącach, kolekcje zmutowanych drożdży. Pracując z nimi można zapoznać się z problemami genomiki funkcjonalnej, a szerzej biologii systemów, nowej i dynamicznie rozwijającej się dyscypliny naukowej.
prof. dr hab. Ryszard Korona
- Mutacje spontaniczne, ich tempo powstawania, wartość selekcyjna, dominacja.
- Planowe delecje genów jako narzędzie funkcjonalnej analizy genomów.
- Molekularne mechanizmy buforowania ekspresji uszkodzeń mutacyjnych.
- Wzrost, głód, stres - rola środowiska w ujawnianiu zmienności genetycznej.
- Eksperymentalna ewolucja laboratoryjnych populacji mikroorganizmów.
dr hab. Dominika Włoch-Salamon
- Ewolucja eksperymentalna (z zastosowaniem modelowych organizmów laboratoryjnych Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae).
- Genetyczne podstawy ewolucji.
- Chemiczna wojna mikroorganizmów (drożdże toksyczne).
dr hab. Katarzyna Tomala
- Kompensacja zmian genetycznych poprzez zmiany ekspresji genów.
- Wpływ ekspresji niestabilnych lub zbyt stabilnych białek na dostosowanie.
- Ewolucja eksperymentalna drożdży.
- Wpływ poziomu ekspresji na dostosowanie.
Środowiskowe i genetyczne aspekty różnicowania komórek drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2023, promotor dr hab. Dominika Włoch-Salamon, promotor pomocniczy dr Bogna Smug
The rise and fitness effect of chromosomal instability in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. 2023, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona, promotor pomocniczy dr hab. Katarzyna Tomala
Dynamics of epistatic interactions under various environmental conditions in Caenorhabditis elegans. 2022, promotor dr hab. Dominika Włoch-Salamon, promotor pomocniczy dr Marta Labocha-Derkowska
Eksperymentalny test hipotez wyjaśniających zależność między tempem ewolucji molekularnej i poziomem ekspresji genów. 2019, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona, promotor pomocniczy dr Piotr Śliwa
Experimental analysis of genetic robustness in natural isolates of Saccharomyces cerevisiae. 2015, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Ecological and evolutionary of interactiones between the killer virus and its yeast host. 2015, promotorzy prof. dr hab. Ryszard Korona i prof. Arjan M. G. de Visser
Rola plejotropii w kształtowaniu cech historii życia na przykładzie zmian tempa wzrostu i długości życia towarzyszących delecjom genów u drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2015, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Wpływ interakcji między delecjami genów na wybrane komponenty dostosowania w eksperymentalnych populacjach drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2014, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Wpływ przyrybosomalnego kompleksu białek opiekuńczych (RAC) na ekspresję fenotypową mutacji termowrażliwych białek cytozolowych u drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2008, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Występowanie i charakterystyka funkcjonalna interakcji między delecjami genów u drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2007, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Delecje genów prowadzące do wzrostu dostosowania (fitness) laboratoryjnych klonów drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2006, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Tempo powstawania, współczynniki doboru i interakcje genetyczne szkodliwych mutacji losowych w eksperymentalnych populacjach drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2003, promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Ewolucja kompensacyjna negatywnych efektów aneuploidalności u drożdży. 2022
Wpływ aneuploidii na przeżywalność komórek drożdży. 2022
Interakcje epistatyczne pomiędzy mutacjami destabilizującymi genom drożdży. 2021
Wpływ niekorzystnych warunków środowiskowych na zaburzenia replikacji genomu jądrowego Saccharomyces cerevisiae. 2020
Rola dominacji genetycznej w maskowaniu mutacji zwiększających niestabilność genomu Saccharomyces cerevisiae. 2020
Powstawanie heterogennych kolonii drożdży na skutek destabilizacji genomów diploidalnych. 2019
Wpływ stresu środowiskowego na prawidłowość przebiegu mitozy na przykładzie utraty heterozygotyczności w eksperymentalnych populacjach drożdży. 2019
Destabilizacja genomu diploidalnych szczepów drożdży jako przyczyna przywrócenia im zdolności do kojarzenia się. 2019
Wpływ zmiany ekspresji genów na przeżywanie w laboratoryjnych populacjach drożdży. 2018
Czynniki genetyczne determinujące niestabilność chromosomów mitochondrialnych u drożdży. 2018
Środowiskowe determinanty kosztów biosyntezy u drożdży. 2017
Przygotowanie oraz przetestowanie szczepów i plazmidów do badania poprawności rekombinacji homologicznej w komórkach Saccharomyces cerevisiae. 2015
Porównanie tempa adaptacji do środowiska laboratoryjnego szczepów drożdży izolowanych ze środowisk naturalnych i wytworzonych przez człowieka. 2015
Wpływ nadekspresji białek o zróżnicowanej stabilności na przeżywalność komórek Saccharomyces cerevisiae. 2014
Wpływ losowych mutacji punktowych na dostosowanie Saccharomyses cerevisiae w warunkach silnego stresu środowiskowego. 2014
Wpływ czynników środowiskowych i genetycznych na wielkości komórek i biomasę kultur drożdży. 2013
Zależność efektów dominacji od odległości filogenetycznej naturalnych szczepów drożdży. 2011
Kompensacja mutacji termowrażliwych w genie URA3 drożdży piekarskich. 2010
Wpływ podwyższonego tempa mutacji na dostosowanie eksperymentalnych populacji drożdży laboratoryjnych. 2010
Wpływ nadekspresji wybranych białek na dostosowanie drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2009
Wpływ nadekspresji zmutowanych alleli białka Ade2 na dostosowanie drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2009
Wpływ poziomu ekspresji białek opiekuńczych na fenotyp mutacji termowrażliwych. 2009
Wpływ interakcji różnych czynników stresu środowiskowego na tempo wymierania w eksperymentalnych populacjach Saccharomyces cerevisiae. 2009
Wpływ intensywności stresu środowiskowego na tempo wymierania w eksperymentalnych populacjach Saccharomyces cerevisiae. 2009
Efekt interakcji między delecjami genów na wzrost drożdży Saccharomyces cerevisiae w warunkach stresu. 2008
Interakcje delecji genów nie związanych funkconalnie u Saccharomyces cerevisiae. 2008
Profile dostosowania białek w kompleksach u Saccharomyces cerevisiae. 2008
Interakcje genetyczne w warunkach stresu środowiskowego u Saccharomyces cerevisiae. 2007
Uzyskiwanie mutantów troficznych u drożdży laboratoryjnych na przykładzie genu ADE2. 2007
Uzyskiwanie mutantów wrażliwych na stres termiczny u drożdży laboratoryjnych na przykładnie genu URA3. 2007
Recesywność delecji genów nie-istotnych u drożdży laboratoryjnych. 2006
Recesywność delecji genów istotnych u drożdży laboratoryjnych. 2006
Poszukiwanie mutacji objawiających swoje szkodliwe działanie w podwyższonej temperaturze i przy braku białka opiekuńczego Zuo1 u drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2005
Efekty epistetyczne między wybranymi defektami genetycznymi u drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2005
Charakterystyka szczepów Sachcaromyces sensu srticto wyizolowanych ze środowiska. 2005
Czy białka opiekuńcze mogą się uzupełniać w maskowaniu efektów mutacji szkodliwych. 2004
Efekty fenotypowe delecji wybranych genów drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2003
Cechy odpowiedzialne za wzrost dostosowania w trakcie eksperymentalnej ewolucji drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2002
Adaptacja haploidalnych drożdży Saccharomyces cerevisiae do cyklicznie zmieniającego się środowiska. 2001
Wpływ akumulacji mutacji spontanicznych na przeżywalność komórek w eksperymentalnych populacjach diploidalnych drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2001
Wpływ warunków środowiskowych na tempo wzrostu genetycznie obciążonych diploidalnych drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2000
... 1998
Ewolucja tempa koniugacji plazmidu jako przykład dostosowania pasożyta do warunków stwarzanych przez gospodarza. 1997
Ewolucja plazmidu bakteryjnego w warunkach silnego doboru ukierunkowanego na doskonalenie jego funkcji metabolicznych. 1997
Wpływ długotrwałej ewolucji laboratoryjnej na dostosowanie gram ujemnych bakterii glebowych w różnych warunkach troficznych. 1996, wpółpromotorem pracy był prof. dr hab. Adam Łomnicki
Wpływ długotrwałej ewolucji monokultur bakteryjnych na ich dostosowanie w konkurencji ze szczepami odmiennymi genetycznie. Czyli jak przystosowania do życia wśród swoich radzą sobie wśród obcych? 1996
... 1995
Promotor dr hab. Dominika Włoch-Salamon
Ewoluowalność komórek spoczynkowych i nie spoczynkowych w głodzonych populacjach drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2022
Identyfikacja mutacji wpływających na zmniejszoną produkcję komórek spoczynkowych w głodzonej populacji drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2020
Analiza zmienności agregatów komórkowych w kolekcji szczepów naturalnych drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2020
Znaczenie komórek spoczynkowych (G0) w oporności populacji drożdży na fungicydy. 2018
Wpływ wprowadzanych mutacji punktowych na proporcję komórek spoczynkowych w populacjach Saccharomyces cerevisiae. 2018
Wpływ zmienności alleli genu AMN-1 na agregację komórek drożdży Saccharomyces cerevisiae pochodzących z różnych środowisk ekologicznych. 2014
Wpływ obecności komórek spoczynkowych i niespoczynkowych na przeżywalność głodzonych populacji drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2014
Analiza ilościowa frakcji uśpionych komórek Saccharomyces cerevisiae pochodzących z głodzonych populacji z różnorodnych środowisk ekologicznych. 2011
Analiza różnorodności fenotypowej komórek drożdży Saccharomyces cerevisiae pochodzących z głodzonych populacji naturalnych i laboratoryjnych. 2011
Śmiertelność głodzonych komórek spoczynkowych (quiescence) drożdży Saccharomyces cerevisiae pochodzących z naturalnych i laboratoryjnych populacji. 2010
Tempo wzrostu a zdolność do wznowienia podziałów komórkowych komórek spoczynkowych w głodzonych populacjach drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2010
Promotor dr hab. Katarzyna Tomala
Zmiany dostępności chromatyny związane z indukcją ekspresji genów, na przykładzie danych z ENCODE. 2022
Czy nadprodukowane białka podlegają asymetrycznej segregacji podczas podziału komórek drożdży piekarniczych? 2021
Czynniki wpływające na produkcję i usuwanie białek heterologicznych w komórkach drożdży S. cerevisiae. 2019
Niestabilność chromosomów w kolekcji dzikich izolatów drożdży. 2018
Promotor prof. dr hab. Ryszard Korona
Ewolucja komórek drożdży do formy planktonicznej. 2022
Ewolucja oporności na zniszczenia mechaniczne u drożdży. 2022
Podobieństwa i różnice w przebiegu epidemii wywołanych SARS-CoV-1 i SARS-CoV-2. 2022
Wpływ aneuploidii na zdolność do wzrostu komórek drożdży w trudnych warunkach troficznych. 2021
Rola mutacji w rozwoju nowotworów. 2019
Powstawanie i gromadzenie się mutacji spontanicznych w populacji ludzkiej. 2018
Obciążenie mutacyjne genomu człowieka. 2018
Niestabilność genomowa mutantów genów RAD27 i SIC1 u drożdży S. cereviasiae. 2018
Wpływ umiarkowanej nadekspresji wybranych genów na przeżywalność głodzonych komórek drożdży. 2016
Stabilność fenotypów przy narastającej zmienności genetycznej. 2015
Genetyczne podstawy powstawania nowotworu ze szczególnym uwzględnieniem genów BRCA. 2013
Choroby genetyczne powodowane aberracjami chromosomowymi na przykładzie syndromu Turnera. 2012
Rola ewolucji eksperymentalnej w wyjaśnianiu powstania oporności patogenów na antybiotyki. 2011
Promotor dr hab. Dominika Włoch-Salamon
Wzrost i starzenie szczepów drożdży S. cerevisiae nie produkujących komórek spoczynkowych. 2022
Wpływ temperatury na produkcję plemników genetycznie zróżnicowanych samców roztoczy Rhizoglyphus robinii. 2022
Wpływ temperatury na niezbędność genów u nicienia Caenorhabidis elegans. 2022
Wpływ środowiska na agregację komórkową naturalnych szczepów drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2021
Wykorzystanie drożdży Saccharomyces cerevisiae jako biofabryki skwalenu w przemyśle kosmetycznym. 2021
Przeżywalność głodzonej populacji drożdży Saccharomyces cerevisiae o różnej proporcji komórek nie spoczynkowych. 2020
Podobieństwa i różnice komórek fazy G0 bakterii i drożdży. 2018
Ewolucyjny wyścig zbrojeń – obrona bakterii przed wirusami. 2017
W zdrowym ciele zdrowy mikrobiom – jak o niego dbać i jak go leczyć? 2017
Analiza profili transkrypcyjnych drożdżowych komórek spoczynkowych uzyskanych na podstawie dwóch niezależnych prac badawczych. 2012
Transfer horyzontalny genów jako źródło rosnącej antybiotykooporności bakterii na przykładzie antybiotyków z grupy beta-laktamów. 2012
Rodzaje śmierci komórkowej i metody ich wykrywania u drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2011
Promotor dr hab. Katarzyna Tomala
Kompensacja efektów heterozygotycznych mutacji unieczynniających białko przez zmiany w ekspresji funkcjonalnych alleli w wybranych szczepach drożdży. 2022
Rozpoznawanie i niszczenie transkryptów zawierających przedwczesny kodon stop u Saccharomyces cerevisiae. 2022
Sposoby wykrywania wariantów strukturalnych oparte na danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego. 2021
Czy mutacje zwiększające stabilność białka mogą być szkodliwe? Analiza mutantów białka Ura3. 2019
Wpływ nadekspresji wybranych białek na chronologiczny czas życia drożdży Saccharomyces cerevisiae. 2019